De verdere uitbouw van de achterhaven (Zuidelijk Kanaaldok en de geplande getijzone) wordt bemoeilijkt door de Europese Richtlijn 79/409/EG inzake het behoud van de vogelstand. In het kader van deze richtlijn werd een gebied van ongeveer 9.500 ha. als speciale beschermingszone aangewezen, waarvan een klein deel (174 ha.) in het havengebied ligt. Deze vormen momenteel een bedreiging voor de ontwikkeling van de havenactiviteit op lange termijn. Er lopen  dan ook diverse MER-studies waarvan de resultaten van vitaal belang zijn voor de toekomst van de haven.