Het Havenbestuur streeft ernaar met alle inwoners van de omliggende bevolkingscentra een open dialoog aan te gaan over de leefmilieuproblematiek. In het kader van het Strategisch Plan voor de havens engageert het Havenbestuur zich ook tot het opstellen van een havennatuurontwikkelingsplan met aandacht voor een efficiënt en ecologisch verantwoord ruimtegebruik. Dat houdt niet alleen in dat alle wetgeving terzake wordt gerespecteerd, maar ook dat de haven de groene infrastructuur in eigen beheer verder wenst uit te bouwen. Zo heeft het Havenbestuur op dit ogenblik plannen op tafel liggen voor de inplanting van groengordels en geluidsschermen in de Zeebrugse dorpskern, meerbepaald langsheen de Zweedse kaai, de P. Vandammesluis, het Noordelijk Insteekdok en de Isabellalaan. De inplanting gebeurt uiteraard in nauw overleg met de bewoners. In het kader van het Kustactieplan, beoogt men ook de aanleg van een verkeersveilige fietsroute.

De haven wenst een verantwoord evenwicht te vinden tussen economie en ecologie. De haven is essentieel voor de Vlaamse economie en voor de tewerkstelling in de streek. Zo wenst het Havenbestuur de westelijke voorhaven – waar door de landwinnings- en havenwerken met tijdelijke braakliggende terreinen zich nu talrijke vogels hebben gevestigd – verder uit te bouwen tot een container- en roro-platform. De haven is ook één van de belangrijkste broedplaatsen in Vlaanderen geworden van vogelsoorten zoals de Grote Stern en de Dwergstern, die tevens een hoge bescherming van de Europese Unie genieten. De verdere economische uitbouw van de haven kan vandaag enkel als deze natuurwaarden in stand worden gehouden, conform de Europese Vogelrichtlijn. In dit opzicht werd in 1997 een kunstmatig sterneneiland aangelegd in de oostelijke voorhaven nabij de LNG-terminal, dat recent werd hersteld en uitgebreid tot 7 hectare, en waar vandaag reeds meer dan 3000 koppels Grote Sternen, ongeveer 1000 koppels Visdieven en ongeveer 60 koppels Dwergsternen broeden. Op termijn zal het eiland worden uitgebreid tot 22 hectare. Daardoor kan de westelijke voorhaven zonder vertraging verder economisch ontwikkeld kan worden.